Hang chính Niah Lớn nằm ở Gunung Subis, và gồm nhiều khoang đồ sộ với trần cao. Hang nằm trong khối đá vôi lớn, dài khoảng 1 km, rộng nửa km, chạy theo hướng bắc nam, đến một thung lũng rộng khoảng 150-200 mét. Khối Gunung Subis chính có độ cao ở điểm cao nhất là 394 mét trên mực nước biển.[2]

Toàn bộ khối đá vôi Gunung Subis nằm cách bờ biển khoảng 17 km, và cách thị trấn Miri khoảng 65 km về phía tây nam. Một số vách đá cao tới hơn 100 mét. Tuy không phải là rộng nhất ở Sarawak, nhưng diện tích hang là khoảng 10 ha, và trần hang tại một số vị trí thì cao tới 75 mét.

Về địa chất, đá vôi Gunung Subis là thành phần của hệ tầng Subis, hình thành vào cỡ 20-16 triệu năm trước, trong thế Miocen sớm.